Ботанический сад располагается на территории бывшего городского Кенигсбергского садоводства в одном из красивейших районов города. Основан Паулем Кэбером, профессором, заведующим кафедрой высших растений и систематики Кенигсбергского университета, как база для практических занятий студентов. В саду сохранился его памятник, установленный в 1919 году.

1904: Городское Кенигсбергское садоводство
Садоводство снабжало школы города растениями для занятий по ботанике. Важную роль оно играло и в популяризации растений — посетители могли увидеть не только интереснейшую дендрологическую коллекцию, но и коллекцию овощных, технических, лекарственных и цветочных культур.

1948: Калининградская научно-исследовательская станция зеленого строительства
Работала на правах научно-исследовательского института. Были построены теплицы, восстановлены оранжереи, проведена санитарная рубка, очищен пруд, обновлена планировка.

1967: Ботанический сад
Был передан Калининградскому государственному университету (сейчас БФУ имени И. Канта), является научным подразделением университета.